เจดีย์วัดไผ่ดำ สร้างในสมัยอยุธยา เป็นเจดีย์รูปทรงระฆังคว่ำ เป็นเจดีย์เก่าที่ยังคงลักษณะสมบูรณ์กว่า
เจดีย์องค์อื่นในละแวกวัดใกล้ๆกัน จากการบอกเล่าของคนเก่าพบว่าเป็นเจดีย์ที่ปล่อยให้ร้างอยู่ในป่าไผ่ดำ
โดยขาดคนสนใจ

      จนกระทั่งราว พ.ศ.๒๔๖๕-๒๔๖๙ ปรากฏว่ามีพระภิกษุมาจำพรรษาอยู่ในวัดไผ่ดำ แต่ก็ไม่ได้รับความ
สนใจเท่าที่ควร ซ้ำยังยังถูกนักเลงของเก่าขุดหาของเก่าในเจดีย์ ทำให้รูปเจดีย์เอียง และอิฐบางส่วนชำรุด
เสียหาย จนกระทั่ง พ.ศ.๒๔๗๐ สมเด็จพระสังฆราช กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ โปรดให้คณะสงฆ์สายธรรมยุต
มาปกครองวัดนี้ โดยมีพระครูประพัฒนสีลณ (เอก ปวฑฺฒโน) เป็นเจ้าอาวาสรูปแรก องค์เจดีย์จึงได้รับการดู
แลบ้าง เท่าที่ภูมิปัญญาและความสามารถในสมัยนั้นจะทำได้

     องค์เจดีย์ได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ เมื่อ พ.ศ.๒๕๑๕ โดยเจ้าอาวาสคือพระครูประพัฒนศีลคุณ
และพระญาณวิริยาจารย์ (หลวงพ่อวิริยังค์ สิรินฺธโร ปัจจุบันดำรงสมณศักดิ์ที่ พระธรรมเจติยาจารย์) ได้
ร่วมกับคณะชาวบ้านไผ่ดำร่วมกันบูรณะปฏิสังขรณ์ โดยก่ออิฐเป็นรูปฐานสี่เหลี่ยมรอบองค์เจดีย์ที่ชำรุดไป
เพื่อไม่ให้องค์เจดีย์ทรุดลงไปอีกและสร้างซุ้มพระด้านทิศใต้ติดกับองค์เจดีย์ เพื่อกันไม่ให้องค์เจดีย์พัง
ทลายและในปี พ.ศ.๒๕๓๐ ชาวบ้านไผ่ดำ ได้ร่วมกันบูรณะพื้นเจดีย์ โดยการวางอิฐตัวหนอนสีแดงรอบ
พื้นเจดีย์และทำกำแพงล้อมรอบใหม่

    วันที่ ๙ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๔๐ ทำการบูรณะองค์พระเจดีย์ใหม่ โดยสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จ
พระสังฆราช เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ และคุณนงลักษณ์ ปาลกวงศ์ ณ อยุธยาร่วมกับผู้ว่าราชการจังหวัด
สิงห์บุรี นายพิพัฒน์ คงมาลัย ข้าราชการพ่อค้าประชาชนชาวจังหวัดสิงห์บุรี ร่วมกันบูรณะเจดีย์วัดไผ่ดำ
และคุณนัยนา ธรรมอารี บริจาคสีทาองค์พระเจดีย์ทั้งหมด

    เจดีย์ ได้รับการบูรณะเสร็จสมบูรณ์เมื่อ วันที่ ๓๑ ธันวาคม ๒๕๔๐ งบประมาณในการบูรณะซ่อมแซม
ครั้งหลังนี้ประมาณ ๙๗๓,๐๐๐ บาท (เก้าแสนเจ็ดหมื่นสามพันบาท)